Cendekiawan dan pendiri Jaringan Islam Liberal (JIL) itu mendasari pendapatnya dengan melihat banyaknya konflik antariman terjadi di Indonesia, yang menurut pendapatnya belum ada progres berarti ke arah penyelesaian.
“Terus terang saya belum bisa gembira. Untuk menyambut (peringatan) 17 Agustus saya belum bisa gembira, karena masih banyak yang menunggak. Masih banyak yang harus dibenahi,” kata pegiat antariman di Indonesia yang sudah melahirkan beberapa buku, di antaranya, Menyegarkan Kembali Pemikiran Islam – Bunga Rampai Surat-surat Tersiar, Islam dan Barat – Demokrasi dalam Masyarakat Islam (editor), dan Metodologi Studi Al-Quran (bersama Abd Moqsith Ghazali dan Luthfi Assyaukanie).
“Saya lihat saat ini masih ada banyak kasus yang masih belum tertangani, tetapi kemudian muncul kasus baru lagi,” dia menambahkan.
Walau demikian, Ulil tidak langsung menyalahkan pemerintah saat terjadi kasus tertentu. Dia berpendapat penanganan konflik antaragama adalah tugas banyak pihak di masyarakat, “Semua orang harus punya kontribusi positif.”
Masalah hubungan antaragama, menurut Ulil, masih membutuhkan perhatian besar. Ia mengharapkan pemerintah lebih awas dan waspada pada setiap hari raya umat beragama karena saat ini masih banyak terdapat kasus yang belum selesai, seperti perlindungan terhadap Jemaat Ahmadiyah dan Syiah di seluruh wilayah Indonesia.
Ulil senang posisi Menteri Agama ditempati Lukman Hakim Saefuddin, karena menurut penilaian Ulil, Wakil Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat periode 2004-2009 itu memiliki kesadaran tinggi dalam toleransi beragama di Indonesia.
Ulil juga mengapresiasi sosok Lukman karena tidak sekadar menanamkan semangat toleransi, namun untuk hubungan antaragama Lukman juga menyeimbangkan dengan pendidikan.
Lulusan Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab di Jakarta, yang sempat menempuh pendidikan di Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara itu mengemukakan bila penduduk sebuah negara memiliki tingkat pendidikan yang cukup, akan berpengaruh ke toleransi antaragama.